826年　天台宗僧侶慈覚大師円仁が有珠を訪れ小宇を造り阿弥陀如来像を安置したことが寺の開基と伝承されている。
1613年　松前藩主の松前慶広が有珠を訪れ如来堂を再興し阿弥陀如来像を安置して善光寺と称した。
1804年には江戸幕府が蝦夷地を直轄するにあたり設置された「蝦夷三官寺」の一つとなり本堂や客殿が再興された。その後幾多の有珠山噴火などの災害を乗り越え、江戸時代の佇まいを今日に伝えている。境内一帯は国指定史跡に指定され、宝物館には国指定重要文化財62点などが展示保管されている。平成30年には北海道遺産に選定された。境内には一年を通して桜やツツジ、紫陽花などが色鮮やかに咲き「花の寺」として参詣の皆様に親しまれています。